L’analisi dei registri di bolle e brevi ha permesso di riscontrare lacune Nei Registra Supplicationum, che per il pontificato di Innocenzo VIII sono lo ripeto non del tutto completi. Qui di seguito riporto una tabella che censisce alcuni frutti della ricerca. Si tratta di tutti quei documenti che sono citati negli antichi Indici dei Registri Lateranensi di Innocenzo VIII, ma che oggi sono andati perduti. Ciò accadde probabilmente a seguito del trasferimento degli Archivi papali a Parigi, disposto da Napoleone.

Laddove si fa ricerca per Innocenzo VIII ed il suo pontificato sempre si registrano falle e mancanze nella documentazione relativa al suo operato, come se una censura, a partire dalla sua morte, fosse intervenuta a fare piazza pulita delle sue decisioni. Come della strage che ne seguì fra i suoi collaboratori ad opera del successore Alessandro VI, Rodrigo Borgia. C’era qualcosa che andava assolutamente nascosto?